1688년 1월 29일 스웨덴 스톡홀름에서, 스베덴보리는 이 두 사람의 자질과 성품이 조화를 이루는 가정에 둘째 아들로 태어난다. 도덕적이고 지적이며 사변적인 분위기안에서 어린 시절을 보낸 스베덴보리의 마음 안에는 어머니의 사물에 대한 실질적 태도와 아버지의 영성(靈性)이 고스란히 녹아 들었을 것이다. 이는 어떻게 그가 방대한 자연과학의 탐구를 해내며 심오한 내면의 세계를 탐험할 수 있게 되었을까 하는가를 설명해주는 단초(端初)가 되리라 본다.
스베덴보리는 과연 이름 그대로 하나님이 함께 하였는지 어린 나이에 놀라운 영성을 보인다. 노년에 Gothenburg의 Beyer 박사에게 보낸 편지에서 그 일면을 발견할 수 있다.

넷에서 열살에 이르는 동안 나는 줄곧 하나님과 구원, 영성에  관한 생각에 몰두해 있었습니다. 종종 내가 무언가 말하면 아버지와 어머니는 놀라시면서 나를 통해 천사가 말하고 있다고 하셨지요. 여섯에서 열두 살이 되는 동안에는, 나는 성직자들과 신앙에 관해 대화하는 것이 기쁨이었지요. 신앙을 살아있게 하는 것은 사랑이고, 그 생명을 주는 사랑이란 다름아닌 이웃을 향한 사랑이라고요. 또, 하나님은 누구에게나 신앙을 주지만 사랑을 행하는 사람만이 신앙을 받는거라고 말했지요. 그 당시 나는 자연을 창조하고 보존하시며 우리에게 총명과 착한 성품을 주시는 분은 하나님이라고 밖에는 달리 알지 못했습니다.

조숙하고 총명의 기염을 토했던 스베덴보리는 1699년 열한 살에 세련된 고딕 건축물로 이름난 Uppsala 시의 Uppsala 대학에 입학한다. 지난날 고상한 영혼들이 숨쉬고 거닐던 곳들을 누비며 스베덴보리는 영감에 찬 기상으로 10년을 보냈을 것이다. 당시에 알려져있던 수학, 과학, 인문학에 숙련되면서 곧 있을 물질세계 탐구에 대한 기본을 닦았다. 그의 졸업 논문이 Seneca와 Mimus의 문장에 관한 연구였다는 것에서 그의 학문 영역이 광범위 했다는 것을 엿볼 수 있다.

Uppsala 대학 시절을 이야기하면서, Erick Benzelius와의 인연을 빼놓을 수 없겠다. Benzelius는 스베덴보리의 손위 누이 Anna의 남편으로 Uppsala 대학 도서관장이었다.  1703년부터 졸업시까지 한 집에서 지냈으며 졸업 후 스베덴보리는 해외 유학을 계획하면서 Benzelius에게 수학과 물리학, 자연사를 공부할 수 있도록 영국 대학에 추천해 줄 것을 요청한다. 영국과 유럽 대륙 각지에서 선진 과학을 섭렵하는 동안 Benzelius는 가이드로서 재정 후원자로서 또 공부만 하려든다며 재정지원을 부담스러워하는 아버지를 설득하는 해결사로 스베덴보리의 의지가 되어준다. 스베덴보리 자신도 Benzelius는 자기에게 아버지 다음 가는 사람이라고 기록하고 있다.